С тех пор, как произошли события, показанные в фильме «Идентификация Борна», прошло уже почти три года. Джейсон Борн вместе со своей подругой Марией, которая была с ним в первой части фильма, живут в штате Гоа в Индии. Однако, воспоминания об убийстве, произошедшем в берлинском отеле, преследуют Борна.
Тем временем, в Берлине проходит операция ЦРУ. Памела Лэнди стремится получить за 3 миллиона долларов так называемые «файлы Неского» — документы, которые должны раскрыть кражу 20 миллионов долларов из ЦРУ, совершенную несколько лет назад. В прошлом российский политик по имени Владимир Неский должен был назвать виновника кражи, но его убила его собственная жена в берлинском отеле. Однако, текущая операция провалилась: киллер по имени Кирилл, отключив электричество в отеле, убивает одного из агентов ЦРУ и «купца», а затем уносит документы с деньгами, чтобы передать их русскому олигарху Юрию Греткову. При этом, с целью свести следы к Борну, на взрывном устройстве, повредившем силовой кабель, Кирилл специально оставляет отпечатки пальцев Борна.
По прибытии в Гоа, Кирилл пытается убить Борна, но тот «вычисляет» его и убегает. Однако, в результате выстрела Кирилла из снайперской винтовки, погибает Мария, подруга Борна. Кирилл при этом уверен, что убил Борна и выполнил свою задачу. Борн отправляется в Неаполь, чтобы выяснить, почему его снова начали преследовать представители ЦРУ.
Лэнди обнаруживает, что отпечатки пальцев на взрывном устройстве совпадают с отпечатками одного из сотрудников проекта «Тредстоун». Она добивается доступа к материалам проекта, после чего она и руководитель проекта, по имени Вард Эбботт, отправляются в Берлин.
По прибытии в Неаполь, Борна задерживают. Во время допроса сотрудником из посольства США, Борн нападает на него, копирует его SIM-карту. И подслушав разговор сотрудника с Лэнди, узнает, что она хочет найти его и что его подозревают в нескольких убийствах, совершенных недавно в Берлине. В Мюнхене Борн находит бывшего агента проекта «Тредстоун» по имени Ярда. Для того чтобы выяснить, кто и почему его преследует. Ярда сообщает, что проект закрыт. В ходе стычки, произошла необходимость убить Ярду.
В Берлине Лэнди и Эбботт доставляют Ники Парсонс. Она в проекте «Тредстоун» отвечала за здоровье агентов и снабжение. Борн следит за Лэнди, уверенный, что именно она организовала покушение в Гоа. Выторговав у ЦРУ встречу с Ники, он расспрашивает ее о проекте «Тредстоун». Ники объясняет, что его подозревают в убийствах и провале операции в Берлине. Борн приходит к выводу, что речь идет об убийстве Неского в берлинском отеле «Брекер». Это было его первым заданием. Ники утверждает, что первая операция Борна произошла в Женеве. И она ничего не знает о преступлении в Берлине. Лэнди, услышав этот разговор через систему подслушивания, начинает сомневаться в виновности Борна.
Борн посещает отель «Брекер» и вспоминает свою первую миссию. Именно он убил супругов Неских, подложив оружие в руку жены политика. Борн идет к Эбботту, который признается, что он вместе с Гретковым причастен к похищению денег. Покушение в Гоа тоже организовано им. Борн записывает его признание на диктофон, чтобы передать запись Лэнди. Когда Лэнди приходит к Эбботту в номер, тот в конечном счете стреляет себе в голову.
Борн отправляется в Москву, чтобы найти дочь супругов Неских. Итак, Кирилл преследует Борна, и в ходе автомобильной погони он гибнет. Но Юрия Греткова арестовывают. Кроме того, Борн приходит в квартиру, где живет дочь Неских. Кстати, рассказывает ей правду о смерти ее родителей, после чего уходит.
В результате, спустя некоторое время, Борн звонит Лэнди, которая находится в Нью-Йорке. Но она благодарит его за запись и сообщает ему его настоящее имя, место и дату рождения.
