На протяжении десяти лет после разоблачения операции «Блэкбрайар» и своего исчезновения Джейсон Борн, оправившись от амнезии, изолировал себя от мира и занимается нелегальной борьбой без правил. Для того чтобы разоблачить незаконные программы ЦРУ, Никки Парсонс вместе с группой исландских хакеров под названием «Хактивист» во главе с Кристианом Дассаултом взломали сервер мэйнфреймов в Рейкьявике. После взлома Парсонс обнаружила документы, касающиеся участия отца Джейсона Борна в программе «Трэдстоун» и его роли в проекте. Она принимает решение отправиться в Грецию, чтобы найти Борна и сообщить ему о том, что произошло. Руководитель отдела киберзащиты, Хэзер Ли, узнаёт о произошедшем и внедряет в скачанные файлы программу-шпиона. Он сообщает об этом директору ЦРУ Роберту Дьюи.
В Афинах на площади Синтагма в период антиправительственной демонстрации Парсонс и Борн встречаются. Они ускользают от внимания агентов ЦРУ, но Парсонс оказывается в ловушке и погибает от пули, выпущенной Спецом, который был одним из убийц программы «Блэкбрайар», подвергшимся пыткам и аресту после утечки информации. За несколько минут до смерти Парсонс передала ключ от секретной камеры хранения, где хранятся файлы ЦРУ о Борне.
Когда Борн задумывает найти ответы на вопросы о своём прошлом и своей семье, он знакомится с Дассаултом в Берлине. После того как Джейсон смог расшифровать файлы Парсонс, он выяснил, что его отец, Ричард Уэбб, являлся аналитиком ЦРУ и одним из создателей оригинальной программы «Трэдстоун». Во время открытия файлов программа-шпион выдает информацию о местонахождении Борна ЦРУ, и Дьюи отправляет группу агентов для его поимки, в то время как Ли удаленно уничтожает файлы, чтобы предотвратить утечку информации.
В процессе попытки уговорить Борна присоединиться к его команде, Дассаулт неожиданно нападает на него. Воспользовавшись отключением Дассаулта, Борн получает послание от Ли с информацией о присутствии сотрудников ЦРУ. Она считает, что сможет убедить его вернуться в агентство. С помощью информации, полученной в Берлине, Борн вышел на Малькольма Смита, который работал в «Трэдстоуне» в качестве наблюдателя и пригласил его встретиться на площади Паддингтон в Лондоне.
Ли настаивает на том, чтобы Дьюи позволил ей лично связаться с Борном, чтобы попытаться вернуть его в проект. Соглашаясь, Дьюи тайно отдает приказ Спецу убрать команду Ли и убить Борна, не веря в возможность переубедить Джейсона. Понимая, что ЦРУ следит за ним, Борн избегает команды Ли и Спеца достаточно долго для допроса Смита. Ричард Уэбб не только создал «Трэдстоун», но и пытался предотвратить вербовку Борна, сообщает Смит. Дьюи приказал убить Уэбба и представить его смерть как акт терроризма, чтобы убедить Борна присоединиться к проекту. Бронемашина спецназа стреляет в Борна, но попадает в Смита. Они оба получают травмы, упав с крыши, но Борн успевает уйти от преследования. Он встречается с Ли, которая соглашается с тем, что ей не нравятся методы Дьюи, и приглашает его на технологическую конференцию в Лас-Вегас.
Дьюи намерен принять участие в конференции для обсуждения вопросов о правах человека на частную жизнь, которая будет организована для общественности Эроном Калуром, генеральным директором социальной сети «Глубокий сон». Публично Калур выступает против тотальной слежки в эпоху интернета, но его проект тайно финансируется Дьюи, который планирует использовать «Глубокий сон» для массового наблюдения в реальном времени и использования его в целях осуществления новых программ убийств. Предполагая, что Калур может отказаться предоставить ЦРУ доступ к своему проекту, Дьюи соглашается на убийство его с Ли из-за того, что он больше не доверяет ей. В последний момент Борн, направляя прожектор в прицел убийцы, смог помешать убить Калура, и теперь противостоит Дьюи и его команде.
У Дьюи была возможность использовать чувство патриотизма Борна для того, чтобы выиграть время, пока агенты прибудут. Ли убивает Джефферса, который был правой рукой Дьюи, в то время как Борн уничтожает самого Дьюи до того, как он успел сделать выстрел в Борна. У Борна есть возможность скрыть причастность к Ли и он отправляется в погоню за Спецом по всему Лас-Вегасу, используя все свои навыки. В конце погони, Борн, наконец, настигает Спеца в канализации и убивает его.
Ли, в свою очередь, убеждает Эдвина Рассела, который занимает пост директора Национальной разведки США, что методы Дьюи устарели и предлагает стать его глазами и ушами в ЦРУ. Она рассказала Расселу о своем плане использовать доверие Борна для возвращения его в агентство, но при этом соглашается с необходимостью убийства его, если он откажется. Ли провела встречу с Борном, в ходе которой он заверил ее, что ЦРУ именно та, чем является эта организация, с начала работы в ней. Но он просит дать ему время для того, чтобы рассмотреть ее предложение, и снова исчезает. Находясь в своей машине, Ли случайно обнаруживает запись их разговора с Расселом и понимает, что Борн не доверяет ей.
