В старинном порту близ Марселя на берег вытаскивают из средиземноморских вод рыбаки мужчину. Он получил два огнестрельных ранения. В его бедре обнаружена капсула с номером ячейки в цюрихском банке. Как только мужчина стал на ноги, ему не удалось вспомнить ни имени, ни своей профессии. Врач на рыбацком корабле дал незнакомцу немного денег на дорогу до Цюриха. В дороге мужчина демонстрирует нестандартные способности и знания. За считанные секунды справляется с двумя полицейскими. Свободно разговаривает на немецком языке, включая один из швейцарских диалектов, и на французском.
В это время в штаб-квартире Центрального разведывательного управления (ЦРУ) заместитель директора Вард Эббот получает информацию о провале операции по ликвидации бывшего африканского лидера Никвана Вамбози. В ходе телевизионного интервью Вамбози обещает раскрыть информацию о своих преследователях. Александр Конклин, руководитель проекта «Тредстоун», обещает Эбботу уничтожить все улики, связывающие покушение на Вамбози и ЦРУ.
Итак, спасенный рыбаками человек находит в своей швейцарской банковской ячейке значительную сумму денег, несколько паспортов и оружие. Но, Джейсон Борн (имя, указанное в американском паспорте), случайно привлекает внимание местной полиции. Преследование продолжается даже в консульстве США, где Борн пытается найти убежище. Сумев убежать от преследования, организованного охраной консульства, Борн предлагает Марии, девушке, которую он встретил около консульства и которой было отказано в визе, отвезти его в Париж, где он, судя по документам, живет. В квартире во Франции на Борна нападает наемный убийца. Отбившись от него, Борн пытается выяснить причину своего преследования. Но убийца бросается из окна и погибает.
Конклин подсовывает тело наемного убийцы в парижскую морг. Пытается убедить всех, что тот совершал покушение на Вамбози, но Вамбози распознает обман. Тогда по приказу Конклина наемный убийца, известный как Профессор, убивает Вамбози.
Кстати, Борн осознает, что он был наемным убийцей, и стремится положить конец своей прежней жизни. Но в поисках убежища он отправляется вместе с Марией к ее старому знакомому. Итак, нацелившийся на убийство Борна Профессор терпит неудачу — Борн убивает его. Борн уговаривает Марию уехать, так как совместное пребывание с ним небезопасно. Используя телефон Профессора, Борн устраивает встречу с Конклином. В частности, установив устройство слежения на машину Конклина, он узнает местонахождение секретной квартиры ЦРУ. Прибыв туда и встретив Конклина, он вспоминает причину провала миссии. Когда Борн пришел к Вамбози, тот был вместе со своими детьми. Борн объявляет Конклину, что покидает «Тредстоун». Эббот решает закрыть проект «Тредстоун» и отдает распоряжение устранить Конклина.
На самом деле, некоторое время спустя Борн находит Марию в греческом городе Миконос.
