Действие фильма разворачивается в Испании 1944 года, в мрачные дни после Гражданской войны. Десятилетняя девочка Офелия вместе с беременной и больной матерью Кармен приезжает на отдалённый военный пост, где новый отчим, капитан Видаль, беспощадно ведёт борьбу с уцелевшими республиканскими партизанами. Видаль — жестокий офицер франкистской армии, олицетворяющий собой холодный фашистский порядок. Тоскующая по отцу и не принимающая жестокую реальность, Офелия погружается в мир сказок. Рядом с домом она обнаруживает древний каменный лабиринт, в сердце которого живёт старый, похожий на козла Фавн. Он открывает Офелии тайну: она — принцесса Моанна, душа которой сбежала из своего истинного дома, бессмертного Подземного царства, и переродилась в смертном мире. Чтобы вернуться обратно к своему отцу-королю, она должна до наступления полнолуния пройти три опасных испытания, доказывающих, что её суть не поглощена человеческим миром.
История развивается в двух параллельных плоскостях — сказочной и реалистичной. Пока Офелия выполняет задания Фавна, капитан Видаль ужесточает террор, пытая и убивая подозреваемых, а беременность Кармен проходит тяжело. Мягкая служанка Мерседес и добрый доктор Феррейро тайно помогают партизанам. Первое испытание Офелии — забрать золотой ключ из чрева гигантской жабы, живущей в корнях умирающего дерева. Она успешно справляется. Второе испытание приводит её в запретную комнату, где за роскошным столом сидит ужасающий Бледный Человек, монстр, пожирающий детей. Задача — не притронувшись к еде, достать со стены древний кинжал. Офелия нарушает запрет, съедая две виноградины, что пробуждает чудовище. Ей чудом удаётся спастись, но за непослушание Фавн отвергает её.
В это время реальный мир обрушивается на девочку с новой силой. Видаль раскрывает и убивает доктора Феррейро, а после попытки Офелии помочь матери с помощью волшебного корня, брошенного в огонь, у Кармен начинаются преждевременные роды. Она умирает, оставив новорождённого сына. Фавн даёт Офелии последний шанс. Третье, финальное испытание требует принести младенца брата в центр лабиринта в полночь. Там Фавн раскрывает истинную цель: чтобы открыть портал, нужно пролить невинную кровь младенца. Офелия, уже насмотревшаяся на жестокость Видаля и цену крови, решительно отказывается. В этот момент в лабиринт врывается сам Видаль, который, не видя Фавна, выхватывает сына и стреляет в Офелию. Её кровь проливается на древний алтарь.
Наступает двойная кульминация. В реальном мире смертельно раненую Офелию находит Мерседес, а партизаны казнят капитана Видаля. Ему даже не позволяют передать имя сыну, обрекая на полное забвение. В то же время в сказочном измерении кровь Офелии становится ключом. Она пробуждается в сияющем Подземном царстве, где её встречают отец-король и мать Кармен, теперь бессмертные. Фавн склоняется перед ней. Король объявляет, что она с честью прошла последнее испытание, выбрав жертвовать собой, а не невинным, и тем самым доказав чистоту своей души. На земле Офелия улыбается и умирает на руках у Мерседес, в то время как закадровый голос рассказывает о долгом и мудром правлении принцессы Моанны в её царстве.
Основной смысл картины в исследовании выбора, неповиновения и силы воображения. Лабиринт и сказки становятся для Офелии не просто побегом, а полем для моральной битвы, где она взрослеет и делает этичный выбор, противопоставленный слепому повиновению и жестокости мира взрослых. Режиссёр Гильермо дель Торо мастерски смешивает историческую драму и тёмное фэнтези, оставляя зрителю право решать, был ли магический мир реальностью или последним утешением угасающего сознания.
