Действие фильма Шелк разворачивается в 19 веке во Франции. Главный герой, по имени Эрве, под влиянием своего отца, становится офицером. Однако, он рад возможности сменить профессию на торговца яйцами шелкопряда. В это время в Европе шелкопряды страдают от болезни, известной как пебрина. Из-за этого Эрве отправляют в Африку в поисках здоровых яиц. В фильме показывается только короткая сцена в пустыне.
Однако, оказывается, что и шелкопряды в Африке также заражены пебриной, поэтому Эрве отправляют в Японию. Но в то время, период Бакумацу, большая часть страны была закрыта для иностранцев. Герой путешествует в карете и на поезде, переплывает на лодке с континента в Японию, где его проводят с завязанными глазами до деревне, где он может купить яйца у местного барона Хары Дзюбэя.
Во время пребывания в деревне, Эрве становится одержимым безымянной наложницей Дзюбэя. В процессе своей второй поездки, он заключает любовные отношения с другой девушкой, которая была прислана к нему наложницей Дзюбэя. Вернувшись домой, любовь Эрве к ней остается в секрете, и он кажется счастливым с женой по имени Элен.
Однако, при третьей поездке он должен направиться в Китай, так как в Японии стало ездить небезопасно, но несмотря на это, Эрве все равно стремится вернуться в Японию. Прибыв в Японию, он обнаруживает, что там началась гражданская война, и деревня, где находились Дзюбэя и женщины, пуста. Он встречает молодого слугу Дзюбэя, которого уже встречал ранее, и тот показывает ему путь к Дзюбэю. Но последний становится враждебным и приказывает Эрве вернуться домой. Оставшись без встречи с женщиной, Эрве покупает яйца в Китае и возвращается домой. Однако, по прибытии выясняется, что личинки уже вылупились из яиц, и поэтому они бесполезны.
Наконец, Эрве получает письмо от таинственной наложницы, написанное на японском языке. Он вручает письмо хозяйке франко-японского борделя, Мадам Бланш, известной своим обычаем дарить синие цветочки своим клиентам, чтобы они были счастливы. Мадам Бланш переводит письмо на французский.
В это же время, Элен умирает, и Эрве обнаруживает, что на ее могиле лежат возложенные синие цветочки. Он осознает, что письмо было не от японской наложницы, а от его жены. Элен попросила Мадам Бланш перевести ее письмо, зная, что ее муж влюбился в японку, и она хотела, чтобы он был счастлив. Мадам Бланш рассказывает Эрве, что его жена любила его больше всего на свете, и Эрве начинает задумываться о том, насколько он по-настоящему ценил ее, когда она была жива.
Обреченный оставаться бездетным, Эрве рассказывает всю историю своему молодому протеже и садовнику Людовику, который знал его с самого рождения.
