Джейсон Борн пытается скрыться в Москве от преследования сотрудников правоохранительных органов, проникая ночью в аптеку для того чтобы обработать рану. Однако там его настигают двое мужчин в форме. Избежав ранения одного из них, Борн освобождает второго и удаляется. Далее агент направляется в Париж, где он знакомится с братом Марии и сообщает ему о том, что она была убита.
В то же время, репортер Guardian Саймон Росс занимается расследованием дела Джейсона Борна. В городе Турин Росс встречается с человеком, который в совершенстве владеет информацией о Борне. Тот, в свою очередь, рассказывает ему о секретной операции «Блэкбрайар», о которой Росс случайно сообщает своему редактору по телефону во время телефонного разговора. С помощью перехвата ЦРУ получает его сообщение и, в результате прослушивания названия секретной операции, понимает, что Росс представляет большую угрозу. Ноа Восен, который является заместителем директора ЦРУ, отдал приказ о постоянной слежке за Россом для того, чтобы узнать его информатора.
В то же время, Борн, прочитав в одной из газет статью о себе, назначил Россу встречу на вокзале Ватерлоо в Лондоне. Понимание того что за Россом ведется слежка, а его телефон прослушивается, заставляет Борна вести себя предельно осторожно. Росс был спасён им от нападения агентов, но в последний момент Борн всё же показал своё лицо камере видеонаблюдения. Во время просмотра фильма Восен увидел Борна и Росса вместе, он решил, что именно Борн является информатором и приказал «спецу»-киллеру убить обоих. Не выполняя приказ Борна, Россу пришлось покинуть укрытие. В этот момент он получил пулю в голову из снайперской винтовки.
Бранн забрал все вещи Росса и по ним вышел на Нила Дэниелса, который занимал должность главы отделения ЦРУ в Мадриде. Памела Ленди приходит к выводу, что Борн никак не может быть информатором Росса, так как по информации от журналиста и редактора, он планировал встречу с информатором в Турине. При проверке телефонов сотрудников, выясняется, что информатором является Дэниелс.
Агенты, работающие в столице Испании, отправились на его квартиру. Но Борн оказывается там первым, он обезвреживает агентов и встречается с Ники Парсонс, однако Дэниелса там не видно. Парсонс сопровождает Борна до тех пор, пока не прибудет подкрепление. Он позвонил в полицию и сообщил о том, что слышал выстрелы и крики рядом с домом Дэниелса. Местные полицейские задерживают прибывших сотрудников ЦРУ.
В скором времени Нил Дэниелс планирует отправиться в Танжер. Он находится в ожидании того момента, когда его средства поступят в местный банк. Восс посылает своего агента, чтобы тот убил Дэниелса. Как раз в этот момент Дэниелс получает сообщение о том, что его счет «размораживается» и он не подозревая об опасности отправляется в банк. Борн предпринимает попытки, чтобы предотвратить смерть Дэниелса, но они не увенчаются успехом.
Восен, осознав, что Борн и Парсонс находятся в одном месте и действуют заодно, отдает приказ «спецу» убить обоих. Лэнди не соглашается с этим и устраивает скандал. У Борна получилось в результате продолжительной борьбы убить «спеца» и передать от его имени в ЦРУ, что задание выполнено и обе цели уничтожены, тем самым выиграть время. Ники уезжает из города, а Борн продолжает свое расследование.
В скором времени сотрудники ЦРУ получили сообщение от Борна, адресованное Памеле Ленди о том, что он находится в Нью-Йорке, причём недалеко от отделения. По распоряжению Восена, были предприняты меры для того, чтобы изолировать близлежащие кварталы. Лэнди говорит Борну о том, что его настоящее имя и дата рождения являются шифром, а подлинное имя – Дэвид Вебб. В ответ на SMS-сообщение от Борна, которое было получено Лэнди, приходит ответное сообщение. С помощью сообщения Борн говорит о том, что он назначает встречу Памеле на одной из площадей Нью-Йорка. В него направляются все местные спецподразделения. Не считая Борна, на место встречи прибывают все. В тот момент, когда Джейсон Борн проникал в кабинет Восена с целью украсть оттуда все документы, связанные с операцией «Блэкбрайар», он также забрал из него все личные вещи.
Вслед за Борном охотится группа агентов и спец. Во время автопогони спец получает тяжелые ранения, в то время как Борн выживает. В процессе стрельбы Борн не производит выстрела. Воспользовавшись отсутствием преследования, он отправляется на встречу с Памелой по адресу, который был указан в шифровке. Данный адрес относится к клинике, которая специализировалась на подготовке агентов «Тредстоуна», в том числе и Джейсона Борна. Сведения о документах передаются Ленди, после чего она с помощью факса отправляет их в прессу.
В завершении, Борн посещает доктора Альберта Хёрша – человека, который разработал программу обучения агентов. Связь с ним помогает Борну вспомнить всё. Обнаружилось что Дэвид Вебб, будучи профессионалом в области убийств, добровольно принял решение стать Джейсоном Борном — наемным убийцей, работающим на ЦРУ.
Одновременно с этим агенты врываются в здание и преследуют Борна. Также в их числе оказался и выживший «спец». В тот момент, когда Борн прорвался на крышу, «спец» поймал его на прицел. Борн пытается успокоить его, но «спец» не соглашается с его доводами. Но, осознавая, что «спец» близок к смерти, Восен принимает решение сам расправиться с Борном. В тот момент, когда Джейсон прыгает с крыши 10-этажного дома в реку, он стреляет в него.
Ники Парсонс в течение нескольких дней внимательно следит за новостями по телевизору, в которых говорится о том, что проект «Блэкбрайар» разоблачен, а Хёрш и Восен арестованы, но о судьбе Джейсона Борна ничего не известно. По словам очевидцев, он упал в реку с высоты 10-го этажа, но поиски тела не дали результатов в течение трех дней. Улыбаясь, Ники понимает, что Борн выжил. Последний кадр показывает Борна, который плывет в воде в месте падения.
